确保论文查重符合学术研究的道德底线，首先要保证原创性，不得抄袭他人成果。其次，应遵守学术规范，不得篡改数据或弄虚作假。此外，应注重引用他人成果，尊重知识产权。最重要的是，要坚守学术诚信，不得利用查重漏洞谋取私利。

在保证论文查重符合学术研究的道德底线的前提下，还应加强学术道德教育，提高学者的道德意识和责任感。同时，学术期刊和学术机构应建立健全的查重机制，加强对论文查重的监督和管理，确保学术研究的公正性和规范性。只有全社会共同努力，才能确保论文查重符合学术研究的道德底线。